马德里协定和议定书是两个平行的条约，相互独立，有各自的成员，但成员有重叠。《马德里议定书》的签订旨在将一些改进措施引入马德里体系，以弥补《马德里协定》的一些缺陷，从而吸引更多的国家或组织加入。马德里协定和议定书的区别主要有以下几点：

1、缔约方主体范围不同《马德里协定》规定只有巴黎公约成员国才有资格加入；而《议定书》则规定，除巴黎公约成员国外，政府间组织（如欧盟）也可以加入

2、申请注册要求不同申请国际注册指定保护为《马德里协定》缔约方，该商标必须已获准注册或已被初步审定；申请国际注册指定保护为纯《议定书》缔约方时，该商标既可是己经注册的商标，也可以是刚被受理的注册申请

3、工作语言不同《马德里协定》使用的工作语言仅为法语；《议定书》使用的工作语言可选择法语、英吾或西班牙语。

4、规费不同申请国际注册指定保护为《马德里协定》缔约方，该申请只要缴纳统一规费即可；申请国际注册指定保护为纯《议定书》缔约方，该申请除要缴纳统一规费外，还需依照各国规定缴纳单独规费。

5、驳回期限不同《马德里协定》规定缔约方的审查期限为12个月，也就是说一个国际注册商标向世界知识产权组织国际局（以下简称国际局）登记此项国际注册之日起，12个月左右后申请人没有收到驳回通知，该商标一般己在被指定的国家给予保护；而《议定书》则赋予缔约方一定选择权，审查期限可以是12个月也可以是18个月。

6、中心打击原则的救济不同依照《马德里协定》保护的国际注册商标，自国际注册（申请）之日起5年内，如果该商标在国内注册已全部或部分被撤销、注销，该国际注册商标在所指定国家都会被撤销，并丧失保护。

而依照《议定书》保护的国际注册商标，商标所有人可在该商标被撤销之日起3个月内，向《议定书》缔约方商标主管机关提交一份申请，并按照各缔约方的规定缴纳一定的费用，即可将商标国际注册转换为缔约方国家注册。

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